À compter du 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail ouvrant droit aux indemnités journalières est plafonnée : 31 jours pour une prescription initiale, 62 jours pour chaque prolongation. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 met ainsi en œuvre l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.
Pour l’employeur, la mesure ne change ni le calcul du maintien de salaire ni le régime des IJSS. Elle change en revanche le rythme administratif des absences longues : là où un arrêt de trois mois pouvait tenir en une seule prescription, il en faudra désormais plusieurs — donc davantage de signalements DSN, de justificatifs à réclamer et de points de contrôle.
Ce guide fait le point sur les nouvelles durées, les dérogations possibles, la date d’application exacte et les cinq réflexes à mettre en place dès la rentrée.
#Ce que prévoit le décret du 12 juin 2026
#Les nouvelles durées maximales
| Type de prescription | Durée maximale |
|---|---|
| Arrêt initial | 31 jours |
| Chaque prolongation | 62 jours |
Ces plafonds s’appliquent aux arrêts prescrits par les médecins, sages-femmes et chirurgiens-dentistes, dans le régime général comme dans le régime agricole (salariés et non-salariés).
#Une dérogation reste possible
Le plafond n’est pas absolu. Le prescripteur peut le dépasser lorsqu’il justifie sur la prescription la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient, en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu’elles existent.
Autrement dit : une pathologie lourde ou une suite opératoire longue peut toujours donner lieu à un arrêt de plusieurs mois en une seule prescription. Le décret impose la justification, pas l’impossibilité.
À dire aux salariés : la mesure ne réduit pas les droits. Elle encadre la durée de chaque prescription, pas la durée totale de l’arrêt.
#Date d’application
Les nouveaux plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
| Situation | Règle applicable |
|---|---|
| Arrêt initial prescrit avant le 01/09/2026 | Durée initiale inchangée |
| Prolongation prescrite à partir du 01/09/2026 | Plafond de 62 jours |
| Arrêt initial prescrit à partir du 01/09/2026 | Plafond de 31 jours |
Un salarié en arrêt depuis juillet 2026 conserve donc sa prescription en cours ; c’est sa prochaine prolongation qui bascule dans le nouveau régime.
#Un cas d’exclusion géographique
Les plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte.
#Le motif de l’arrêt désormais indiqué
Autre évolution attachée à la réforme : le prescripteur doit mentionner le motif de l’arrêt sur la prescription, pour permettre le suivi et les contrôles de l’Assurance maladie.
Cette information circule entre le professionnel de santé et la caisse. Elle ne remonte pas à l’employeur : le volet qui vous est destiné reste dépourvu de toute donnée médicale. Le secret médical n’est pas affecté, et vous n’avez ni le droit ni le moyen de connaître la pathologie de votre salarié.
#Le rappel utile : la téléconsultation reste très encadrée
Indépendamment des nouveaux plafonds, un arrêt prescrit en téléconsultation ne peut excéder 3 jours — qu’il s’agisse de la prescription initiale ou de son premier renouvellement. Au-delà, un renouvellement à distance n’est possible que s’il émane du médecin traitant ou de la sage-femme référente, ou en cas d’impossibilité de consulter en présentiel.
Cette règle, antérieure à la réforme, continue de s’appliquer et se cumule avec les nouveaux plafonds.
#Ce qui ne change pas
Beaucoup d’informations circulent sur cette réforme. Voici ce qu’elle ne modifie pas :
| Élément | Statut |
|---|---|
| Délai de carence de 3 jours pour les IJSS | Inchangé |
| Taux des IJSS : 50 % du salaire journalier de base | Inchangé |
| Plafond des IJSS : 42,97 €/jour (arrêts débutant depuis le 01/07/2026) | Inchangé par le décret |
| Maintien de salaire employeur (loi de mensualisation, conventions collectives) | Inchangé |
| Délai de 48 h pour transmettre l’arrêt à l’employeur | Inchangé |
| Acquisition de congés payés pendant l’arrêt | Inchangée |
| Régime des arrêts pour accident du travail ou maladie professionnelle | Hors champ du décret |
Sur le calcul des IJSS et l’articulation avec le maintien de salaire, voir notre article arrêt maladie 2026 : IJSS et maintien de salaire.
#Les conséquences concrètes pour l’employeur
La mesure vise l’Assurance maladie, mais c’est le service paie qui en absorbe la charge administrative.
#1. Davantage de signalements DSN
Chaque prolongation donne lieu à un signalement d’arrêt de travail en DSN. Un arrêt long qui se serait réglé en une prescription unique en génèrera désormais plusieurs.
| Durée totale d’absence | Avant | À partir du 01/09/2026 (sans dérogation) |
|---|---|---|
| 2 mois | 1 prescription possible | 1 initial (31 j) + 1 prolongation |
| 4 mois | 1 à 2 prescriptions | 1 initial + 2 prolongations |
| 6 mois | 1 à 2 prescriptions | 1 initial + 3 prolongations |
Le signalement d’arrêt de travail en DSN doit être transmis dans les 5 jours suivant la connaissance de l’événement. Multiplier les prolongations, c’est multiplier les échéances — et les risques d’oubli.
Pour transmettre vos signalements d’événement sans logiciel de paie lourd, QuickDSN propose une interface gratuite et illimitée.
#2. Un suivi des justificatifs plus serré
Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre chaque avis de prolongation. Avec des prescriptions plus courtes, ces échéances se rapprochent. Un tableau de suivi par salarié absent (date de début, date de fin prévue, date de réception du justificatif, date du signalement DSN) devient indispensable au-delà de quelques dossiers.
#3. Des dates de fin d’arrêt à re-vérifier chaque mois
Une date de reprise prévisionnelle saisie en paie pour trois mois devra être révisée à chaque prolongation. Le risque : verser un maintien de salaire sur une période non couverte par un arrêt valide, ou au contraire déclarer une reprise qui n’a pas eu lieu.
#4. Le calcul du maintien de salaire n’est pas remis à zéro
Point important à ne pas confondre : la durée d’indemnisation complémentaire prévue par la loi de mensualisation ou la convention collective s’apprécie sur la totalité de l’absence, pas prescription par prescription. Un arrêt fractionné en trois prolongations reste un seul arrêt du point de vue du décompte des jours indemnisés et du délai de carence conventionnel.
C’est l’erreur de paramétrage la plus probable à la rentrée : ne pas traiter chaque prolongation comme un nouvel arrêt.
#5. La subrogation à surveiller
Si vous pratiquez la subrogation (versement des IJSS par l’employeur, remboursé par la caisse), chaque prolongation doit être signalée pour que le flux ne s’interrompe pas. Une prolongation non déclarée, c’est un maintien de salaire avancé sans contrepartie.
#Et la visite de reprise ?
Les seuils déclenchant la visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail sont inchangés : ils s’apprécient sur la durée totale de l’absence, quel que soit le nombre de prescriptions.
| Motif d’absence | Visite de reprise obligatoire |
|---|---|
| Maladie ou accident non professionnel | Absence d’au moins 60 jours |
| Accident du travail | Absence d’au moins 30 jours |
| Maladie professionnelle | Quelle que soit la durée |
| Congé de maternité | Systématique |
Un arrêt de 90 jours découpé en trois prescriptions déclenche donc bien la visite de reprise. Voir notre article sur les visites médicales et leur périodicité en 2026.
#Checklist de rentrée
| Action | Échéance |
|---|---|
| Informer les managers du nouveau rythme des prolongations | Avant le 1er septembre |
| Vérifier le paramétrage du logiciel de paie (une absence ≠ une prescription) | Avant le 1er septembre |
| Mettre en place un suivi des dates de fin d’arrêt par salarié | Dès septembre |
| Rappeler aux salariés le délai de 48 h pour chaque prolongation | Dès septembre |
| Contrôler la continuité des signalements DSN sur les arrêts en cours | Septembre-octobre |
| Vérifier la continuité de la subrogation | À chaque prolongation |
#FAQ : plafonnement des arrêts de travail
#Un salarié peut-il encore être arrêté six mois d’affilée ?
Oui. Le décret plafonne la durée de chaque prescription, pas la durée totale de l’arrêt. Un arrêt de six mois est toujours possible, sous forme d’un arrêt initial suivi de prolongations — ou en une seule prescription si le médecin justifie la nécessité d’une durée plus longue.
#Mon salarié est en arrêt depuis juillet. Sa prescription est-elle réduite ?
Non. Les plafonds s’appliquent aux prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026. L’arrêt en cours va à son terme. C’est la prochaine prolongation, si elle est prescrite après cette date, qui sera plafonnée à 62 jours.
#Vais-je connaître le motif de l’arrêt de mon salarié ?
Non. Le motif est destiné à l’Assurance maladie. Le volet employeur de l’avis d’arrêt ne comporte aucune information médicale, et le secret médical reste entier.
#Le délai de carence de 3 jours s’applique-t-il à chaque prolongation ?
Non. Une prolongation prolonge le même arrêt : elle ne fait pas courir un nouveau délai de carence. C’est l’inverse qui serait une erreur coûteuse pour le salarié.
#Les arrêts pour accident du travail sont-ils concernés ?
Le décret du 12 juin 2026 porte sur les arrêts maladie donnant lieu au versement d’indemnités journalières au titre de l’assurance maladie. Les arrêts consécutifs à un accident du travail ou à une maladie professionnelle relèvent d’un régime distinct, avec ses propres règles d’indemnisation.
#Que se passe-t-il si la durée prescrite dépasse le plafond sans justification ?
L’Assurance maladie peut refuser le versement des indemnités journalières pour la fraction excédentaire. Ce point relève de la relation entre le salarié, son médecin et la caisse — l’employeur n’a pas à contrôler la validité médicale de l’arrêt, mais il a intérêt à en connaître l’existence pour sécuriser sa subrogation.
#Faut-il un nouveau signalement DSN à chaque prolongation ?
Oui. Chaque prolongation constitue un événement à signaler, dans les 5 jours suivant sa connaissance par l’employeur.
#Récapitulatif
#Les 3 chiffres à retenir
| Élément | Valeur |
|---|---|
| Durée maximale d’un arrêt initial | 31 jours |
| Durée maximale d’une prolongation | 62 jours |
| Durée maximale d’un arrêt prescrit en téléconsultation | 3 jours |
#Ce qui change pour la paie
- Plus de signalements DSN sur les absences longues
- Plus de justificatifs à réclamer et à archiver
- Aucun changement sur le calcul des IJSS, du maintien de salaire ou de la carence
#Conclusion
Le plafonnement des arrêts de travail au 1er septembre 2026 est une mesure de maîtrise des dépenses d’assurance maladie qui se traduit, côté entreprise, par une charge purement administrative : des prescriptions plus courtes, donc plus de prolongations, donc plus de signalements DSN et de justificatifs à suivre.
Le principal risque n’est pas juridique mais opérationnel : traiter par erreur chaque prolongation comme un nouvel arrêt, avec un nouveau délai de carence et un nouveau décompte de maintien de salaire. Un contrôle du paramétrage avant la paie de septembre suffit à l’écarter.
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Sources officielles : Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 · Service-Public — La durée des arrêts de travail sera plafonnée · Code du travail numérique — Durée maximale d’un arrêt de travail · Ameli — Arrêt de travail